貪污腐敗是封建社會官僚政治的正常現象，念書識字，做八股，參加科舉，僥倖得了一官，便千方百計弄錢，買田地，蓄家奴，官做得越大，弄的錢也就越多。升官發財，是封建社會知識分子的人生哲學。「萬般皆下品，惟有讀書高。」這兩句話是有其深刻的社會根源的。
另一面，官吏貪橫，無止境的剝削，也就不能不迫使饑寒交迫的人民起來反抗，「官逼民反」，從進入封建社會以來，數以百次計的農民起義，官吏的貪污剝削是其原因之一。
為了緩和封建統治階級和廣大人民的矛盾，鞏固統治基礎。朱元璋對地方官貪污害民的，用極嚴厲的手段懲處，進行了長期的殘酷的鬥爭。
對朝廷和地方的官僚奸貪舞弊，嚴重地損害了皇朝的利益，朱元璋集中力量，全面地大規模地加以無情地打擊。洪武十五年（一三八二年）的空印案，十八年（一三八五年）的郭桓案，兩案連坐被殺的達七八萬人，其中主要是各級官員，追贓牽連到各地許多大地主，都弄得傾家蕩產，舊地主階級的力量更進一步被削弱了。
按照規定，每年各布政使司和府、州、縣都得派計吏到戶部，報告地方財政收支帳目，為了核算錢糧、軍需等款項，必須府報布政司，布政司報部，一層層上報，一直到戶部審核數目完全符合，准許報銷，才算手續完備結了案。錢穀數字如有分、毫、升，合對不攏，整個報銷冊便被駁回，重新填造。
布政使司離京師遠的有六七千里，近的也是千里上下，重造冊子還不要緊，問題是重造的冊子必須蓋上原衙門的印信才算合法，因為要蓋這個印，來回的時間就得用上個把月以至好幾個月。為了避免戶部挑剔，減省來回奔走的麻煩，上計吏照習慣都帶有事先預備好的蓋過官印的空白文冊，遇有部駁，隨時填用。
這種方法本來是公開的秘密，誰都認為合情合理，方便省事。不料到了洪武十五年（一三八二年），朱元璋忽然發現了這秘密，大發雷霆，以為一定有嚴重弊病，非嚴辦不可，就下令各地方衙門長官主印的一律處死，佐貳官杖一百充軍邊地。
其實上計吏所帶的空印文冊蓋的是騎縫印，不能用於別的用途，預備了也不一定用得著。全國各地方衙門的人都明白這道理，連戶部官員也是照例默認的，成為上下一致同意的通行辦法。但是案發後，正當胡惟庸黨案鬧得很緊張，朝廷上誰也不敢分辯，有一個老百姓拼著死命上書把事情解釋清楚，也未起作用，朱元璋還是把地方上的長吏一殺而空。當時最有名的好官方克勤（建文朝大臣方孝孺的父親）也死在這案內，上書人也被罰做苦工。
郭桓官戶部侍郎。洪武十八年（一三八五年）有人告發北平二司官吏和郭桓通同舞弊，從戶部左右侍郎以下都處死刑。追贓糧七百萬石，供詞牽連到各布政使司官吏，被殺的又是幾萬人。追贓又牽連到全國各地的許多大地主，中產以上的地主破家的不計其數。朝廷宣布的罪狀是：

戶部官郭桓等收受浙西秋糧，合上倉四百五十萬石。其郭桓等只收（交）六十萬石上倉，鈔八十萬錠入庫，以當時折算，可抵二百萬石，餘有一百九十萬石未曾上倉。其郭桓等受要浙西等府鈔五十萬貫，致使府、州、縣官黃文通等通同刁頑人吏邊源等作弊，各分入己；
其應天等五府、州、縣數十萬沒官田地夏稅秋糧，官吏張欽等通同作弊，並無一粒上倉，與同戶部官郭桓等盡行分受；
其所盜倉糧，以軍衛言之，三年所積賣空。前者榜上若欲盡寫，恐民不信，但略寫七百萬耳。若將其餘倉分並十二布政司通同盜賣見在倉糧，及接受浙西等府鈔五十萬張賣米一百九十萬不上倉，通算諸色課程魚鹽等項，及通同承運庫官范朝宗偷盜金銀，廣惠庫官張裕妄支鈔六百萬張，除盜庫見在金銀寶鈔不算外，其賣在倉稅糧及未上倉該收稅糧及魚鹽諸色等項，共折米算，所廢（吞沒）者二千四百餘萬（石）精糧。

據一些同時人和地主子孫的記錄，三吳一帶、浙東西的故家巨室，不是「多以罪傾其宗」，便是「豪民巨族，劃削殆盡」。這些記載雖然有些誇大，但是反映了一部分舊地主階級分子被消滅的情況，則是無可置疑的。
這樣嚴重的打擊，當然會引起地主階級和官僚的恐慌及不滿，他們當然不敢申說買賣官糧這一嚴重犯法行為是合法的、應該的，只能指斥、攻擊、告發處理這個案件的御史和法官，一時議論沸騰，情勢嚴重。
朱元璋也覺得這個矛盾如繼續發展下去，對自己的統治十分不利，便一面以手詔公布郭桓等人的罪狀，分析是非，一面把原審法官也殺了，作為對地主階級和官僚們的讓步，結束了這件大案。
除了空印案和郭桓案兩次大屠殺以外，還有洪武四年（一三七一年）錄（甄別）天下官吏；十三年（一三八○年）連坐胡黨；十九年（一三八六年）逮官吏積年為民害者；二十三年（一三九○年）罪妄言者，四次有計劃的誅殺。
四十年中，據朱元璋的著作：《大誥》《大誥續編》《大誥三編》《大誥武臣》的統計，所列凌遲、梟示、種誅有幾千案，棄市（殺頭）以下有一萬多案。戴死罪和徒流罪辦事是朱元璋新創的辦法，有御史戴死罪，戴著腳鐐坐堂審案的；有打了八十大棍仍回原衙門做官的。戴是判刑的意思。他創立這種辦法的主要原因是把這些官都殺了就沒有人替他辦事了，於是又判刑，又讓回去辦事，封建法紀確立了，各種事務工作也不致於因為缺官而廢弛。
凌遲是最野蠻、最殘酷的刑法。梟示也叫梟令，種誅就是族誅，一人犯罪，就按家按族地殺。此外有刷洗，有秤竿，有抽腸，有剝皮，還有黥刺、剕、劓、閹割、挑膝蓋、錫蛇遊種種名目的非刑。可見，朱元璋野蠻殘暴的程度超過了歷史上任何帝王。這種種酷刑，造成了朝官中的極度恐怖氣氛，人人提心吊膽。
用重刑懲治違法官僚，儘管殺死了幾萬人，效果還是不大。洪武十八年（一三八五年）朱元璋慨嘆說：「朕自即位以來，法古命官，布列華、『夷』。豈期擢用之時，並效忠貞，任用既久，俱係奸貪。朕乃明以憲章，而刑責有不可恕。以至內外官僚，守職維艱，善能終是者寡，身家誅戮者多。」
郭桓案發後，他又說：「其貪婪之徒，聞桓之奸，如水之趨下，半年間弊若蜂起，殺身亡家者人不計其數。出五刑以治之，挑筋、剁指、刖足、髡髮、紋身，罪之甚者歟！」
他沒有也不可能懂得封建專制的寡頭獨裁政治，地主階級專政的殘酷統治，官僚政治和貪污舞弊是分不開的，封建統治是以剝削人民為基礎的，不推翻封建統治、封建制度，單純地用嚴刑重罰，流血手段來根絕貪污，是根本不可能有任何效果的。
誅殺以外，較輕的犯罪官員，罰做苦工。洪武九年（一三七六年），單是官吏犯笞以下罪，謫發到鳳陽屯田的便有一萬多人。
朝官被殺有記載可查的，有中書省左司都事張昶，禮部侍郎朱同、張衡，戶部尚書趙勉，吏部尚書余愾，工部尚書薛祥、秦逵，刑部尚書李質、開濟，戶部尚書茹太素，春官王本，祭酒許存仁，左都御史楊靖，大理寺卿李仕魯，少卿陳汶輝，御史王朴，員外郎張來碩，參議李飲冰，紀善白信蹈等。外官有蘇州知府魏觀、濟寧知府方克勤、番禺知縣道同、訓導葉伯巨、晉王府左相陶凱等。
茹太素性情剛直，愛說老實話，幾次因說話不投機被廷杖、降官，甚至鐐足治事。一天，在便殿賜宴，朱元璋寫詩說：「金杯同汝飲，白刃不相饒。」太素磕了頭，續韻吟道：「丹誠圖報國，不避聖心焦。」朱元璋聽了也很感動。不多時他還是因事被殺。
李仕魯是朱熹學派的學究，勸朱元璋不要太尊崇和尚道士，想學韓文公辟佛，發揚朱學。朱元璋不理會，李仕魯著急，鬧起迂脾氣，當面交還朝笏，要告休回家。朱元璋大怒，當時叫武士把他摜死在階下。陶凱是御用文人，一時詔令封冊歌頌碑誌多是他寫的，做過禮部尚書，參加制定軍禮和科舉制度。只因為起了一個別號叫「耐久道人」，朱元璋恨他：「自去爵祿之名，怪稱曰耐久道人，是其自賤也。此無福之所催，如是不期年，罪犯不公。」又說他：「忘君爵而美山野……忘君爵而書耐久。」後借題發揮把他殺了。
員外郎張來碩諫止取已許配的少女做宮人，說「於理未當」，被碎肉而死。參議李飲冰被割乳而死。
朱元璋對內外官僚的殘酷誅殺和刑罰，引起了官僚集團的反對，洪武七年（一三七四年）便有人抗議，說是殺得太多了，太過分了，「才能之士，數年來倖存者百無一二」。九年（一三七六年）葉伯巨以星變上書，論用刑太苛說：

臣觀歷代開國之君，未有不以任德結民心，以任刑失民心者，國祚長短，悉由於此……議者曰宋、元中葉，專事姑息，賞罰無章，以致亡滅。主上痛懲其敝，故制不宥之刑，權神變之法，使人知懼而莫測其端也。臣又以為不然。開基之主，垂範百世，一動一靜，必使子孫有所持守。況刑者，民之司命，可不懼歟！
夫笞、杖、徒、流、死，今之五刑也。用此五刑，既無假貸，一出乎大公至正可也。而用刑之際，多裁自聖衷，遂使治獄之吏，務趨求意旨，深刻者多功，平反者得罪，欲求治獄之平，豈易得哉！近者特旨雜犯死罪，免死充軍；又刪定舊律諸則，減宥有差矣。然未聞有戒飭治獄者務從平恕之條，是以法司猶循故例，雖聞寬宥之名，未見寬宥之實。
所謂實者，誠在主上，不在臣下也。故必有罪疑唯輕之意，而後好生之德洽於民心，此非可以淺淺期也。何以明其然也？古之為士者以登仕為榮，以罷職為辱，今之為士者以溷跡無聞為福，以受玷不錄為幸，以屯田工役為必獲之罪，以鞭笞捶楚為尋常之辱。其始也，朝廷取天下之士，網羅捃摭，務無餘逸，有司敦迫上道，如捕重囚，比到京師，而除官多以貌選，所學或非所用，所用或非其所學。洎乎居官，一有差跌，苟免誅戮，則必在屯田工役之科，率是為常，不少顧惜。此豈陛下所樂為哉！誠欲人之懼而不敢犯也。
竊見數年以來，誅殺亦可謂不少矣，而犯者相踵，良由激勸不明，善惡無別，議賢議能之法既廢，人不自勵而為善者怠也。有人於此，廉如夷、齊，知如良、平，少戾於法，上將錄長棄短而用之乎？將捨其所長苛其所短而置之法乎？苟取其長而捨其短，則中庸之才爭自奮於廉智，倘苛其短而棄其長，則為善之人皆曰某廉若是，某智若是，朝廷不少貸之，吾屬何所容其身乎？致使朝不謀夕，棄其廉恥，或自掊克，以備屯田工役之資者，率皆是也。若是，非用刑之煩者乎？漢嘗徙大族於山陵矣，未聞實之以罪人也，今鳳陽皇陵所在，龍興之地，而率以罪人居之，怨嗟愁苦之聲，充斥園邑，殆非所以恭承宗廟意也。

朱元璋看了氣極，連聲音都發抖了，連聲說「這小子敢如此放肆！快逮來，我要親手射死他！」隔了些日子，中書省官趁朱元璋高興的時候，奏請把葉伯巨下刑部獄，不久死在獄中。
朱元璋晚年最喜歡的青年才子解縉，奉命說老實話，上萬言書，也說：

臣聞令數改則民疑，刑太繁則民玩。國初至今將二十載，無幾時不變之法，無一日無過之人。嘗聞陛下震怒，鋤根翦蔓，誅其奸逆矣，未聞褒一大善，賞延於世，復及其鄉，始終如一者也……陛下進人不擇賢否，授職不量重輕，建「不為君用」之法，所謂取之盡錙銖；置「朋奸倚法」之條，所謂用之如泥沙。監生進士經明行修，而多屈於下僚；孝廉人材冥蹈瞽趨，而或布於朝省。椎埋囂悍之夫，闒茸下愚之輩，朝捐刀鑷，暮擁冠裳；左棄筐篋，右綰組符。是故賢者羞為之等列，庸人悉習其風流，以貪婪苟免為得計，以廉潔受刑為飾辭。
出於吏部者無賢否之分，入於刑部者無枉直之判。天下皆謂陛下任喜怒為生殺，而不知皆臣下之乏忠良也……夫罪人不孥，罰弗及嗣，連坐起於秦法，孥戮本子偽書，今之為善者妻子未必蒙榮，有過者里胥必陷其罪，況律以人倫為重，而有給配婦女之條，聽之於不義，則又何取夫節義哉！此風化之所由也。

話說得很露骨，分量很重，但是他把這一切都歸咎於「臣下之乏忠良」，不是皇帝的本意，朱元璋讀了很舒服，連說：「才子！才子！」
在鞭笞、苦工、剝皮、挑筋以至抄家滅族的恐怖氣氛中，凡是做官的，不論大官小官，近官遠官，隨時隨地都會有不測之禍，人人在慌亂緊張、戰戰兢兢地過日子。有人實在受不了，只好辭官，回家做老百姓。可是這樣一來，又刺著朱元璋的痛處了，說這些人不肯幫朝廷做事：「奸貪無福小人，故行誹謗，皆說朝廷官難做。」將此種行為定為大不敬，非殺不可。左也不是，右也不是，真弄得官僚們「知懼而莫測其端」了。

也有個別得罪的官僚、貴族以裝瘋倖免的，一個是御史袁凱。有一次朱元璋要殺許多人，叫袁凱把案卷送給皇太子複訊，皇太子主張從寬。袁凱回報，朱元璋問他：「我要殺人，皇太子卻要寬減，你看誰對？」袁凱不好說誰不對，只好回答：「陛下要殺是守法，皇太子要赦免是慈心。」朱元璋大怒，認為袁凱兩面討好，耍滑頭，要不得。袁凱嚇得要死，怕被殺害，便假裝瘋癲。
朱元璋說瘋子是不怕痛的，叫人拿木鑽刺他的皮膚，袁凱咬緊牙齒，忍住不喊痛。回家後，自己用鐵鍊子鎖了脖子，蓬頭垢面，滿嘴瘋話。朱元璋還是不相信，派使者召他做官，袁凱瞪著眼對使者唱月兒高的曲子，爬到籬笆邊吃狗屎，使者回報果然瘋了，朱元璋才不追究。
這一回朱元璋卻受了騙，原來袁凱知道皇帝要派人來偵察，預先叫人用炒麵拌糖稀，捏成段段，散在籬笆下，大口吃了，救了一條命，朱元璋哪裡會知道。
另一個例子是外戚郭德成，郭寧妃的哥哥。一天他陪朱元璋在後苑喝酒，醉了趴在地上去冠磕頭謝恩，露出稀稀的幾根頭髮，朱元璋笑著說：「醉瘋漢，頭髮禿到這樣，可不是酒喝多了？」郭德成說：「這幾根還嫌多呢，剃光了才痛快。」朱元璋拉長臉，一聲不響。
郭德成酒醒後，知道闖了大禍，索性裝瘋，剃光了頭，穿了和尚衣，成天念佛。朱元璋信以為真，告訴寧妃說：「原以為你哥哥說笑話，如今真個如此，真是瘋漢。」不再在意。黨案起後，郭德成居然漏網。
吳人嚴德珉由御史升左僉都御史，因病辭官，犯了朱元璋的忌諱，被黥面充軍南丹（今廣西），遇赦放還，到宣德時還很健朗。
一天因事被御史所逮，跪在堂下，供說也曾在臺勾當公事，頗曉三尺法度來。御史問是何官，回說洪武中臺長嚴德珉便是老夫。御史大驚謝罪。第二天去拜訪，卻早已挑著鋪蓋走了。有一個教授和他喝酒，見他臉上刺字，頭戴破帽，問老人家犯了什麼罪過，嚴德珉說了詳情，並說先時國法極嚴，做官的多半保不住腦袋，說時還北面拱手，嘴裡連說：「聖恩！聖恩！」
民間流行著一個傳說，說是朱元璋有一天出去私訪，到一破寺，裡邊沒有一個人，牆上畫一布袋和尚，有詩一首：「大千世界浩茫茫，收拾都將一袋藏，畢竟有收還有放，放寬些子又何妨！」墨跡還新鮮。朱元璋立刻派人搜索作畫題詩的人，已經不見了。這個傳說當然是虛構的，卻真實地反映了洪武朝官僚們對現實政治鬥爭的不滿情緒。